Nach dem glücklichen Ausgang ihres Madagascar-Abenteuers machen sich die Bewohner des Manhattaner Zoos nun wieder zurück auf den Weg in die Heimat. Als äußerst fragwürdiges Transportmittel dient dabei eine schrottreife Frachtmaschine und mit den zwar äußerst selbstbewussten, aber auch dezent überforderten Pinguinen als Piloten kommt es dann wie es kommen muss, nämlich zur Bruchlandung in der afrikanischen Steppe.